QuantStudio 3D: cuantificación absoluta del ADN mediante partición digital
QuantStudio 3D de Thermo Fisher Scientific es una solución de PCR digital por compartimentación que permite detectar con fiabilidad y precisión objetivos genéticos en una mezcla compleja. A diferencia de los sistemas tradicionales de PCR en tiempo real, este sistema se basa en una lógica binaria de presencia o ausencia de señal en 20 000 microreactores independientes por chip. Esto permite alcanzar una cuantificación absoluta sin necesidad de curvas estándar, lo que reduce considerablemente los sesgos relacionados con la cuantificación relativa.
El funcionamiento se basa en la partición de la muestra de ADN o ARN convertido en ADNc, seguida de una amplificación específica en cada pocillo mediante sondas TaqMan. Al analizar el número de reacciones positivas y negativas, el sistema calcula con precisión la concentración inicial en copias/μL. Este enfoque es especialmente eficaz para la detección de objetivos de baja abundancia, alelos raros en un fondo de secuencia salvaje o modificaciones en el número de copias génicas.
La herramienta es especialmente útil para experimentos en los que la precisión y la reproducibilidad son fundamentales. El usuario puede mejorar la resolución y la precisión aumentando el número de chips utilizados, creando así un « chip virtual » gracias a la plataforma en línea QuantStudio 3D AnalysisSuite Cloud. Esta agrupación permite reducir la incertidumbre estadística durante la cuantificación.
El sistema también permite medir variaciones sutiles en la expresión génica, a menudo invisibles con los métodos convencionales, con una resolución de hasta ±10 %. Los experimentos de variación del número de copias pueden optimizarse fragmentando el ADN genómico mediante enzimas de restricción. En cuanto a los experimentos con alelos raros, se recomienda optimizar las condiciones de amplificación, en particular la temperatura de hibridación.
Versátil, compacto e intuitivo, el QuantStudio 3D se integra fácilmente en los laboratorios de investigación que requieren una cuantificación rigurosa en campos como el cáncer, la genética humana, el medio ambiente o la microbiología.
