Genome Sequencer 20: secuenciación masiva simplificada
El Genome Sequencer 20 es un instrumento diseñado para satisfacer las crecientes necesidades de la investigación genómica con un tiempo de procesamiento reducido y una precisión fiable. Su principio se basa en la secuenciación por síntesis realizada en paralelo en cientos de miles de fragmentos de ADN clonados por amplificación en emulsión (emPCR). Al eliminar las etapas de clonación bacteriana, permite reducir significativamente el tiempo de preparación de las muestras y eliminar los sesgos asociados al cultivo celular.
El proceso comienza con la fragmentación del ADN genómico o ADNc, seguida de la adición de adaptadores A y B. A continuación, estos fragmentos se fijan a bolas que capturan el ADN y se amplifican individualmente en microgotas mediante emPCR. Cada bola clonada se deposita en un pocillo de una PicoTiterPlate, donde se lleva a cabo la secuenciación de forma paralela mediante ciclos de incorporación de nucleótidos. La señal luminosa generada por la incorporación es registrada por unacámara CCD, y cada secuencia se interpreta a partir de la intensidad de estas señales.
La lectura de las bases, basada en la intensidad de la fluorescencia, se procesa mediante un software específico, que proporciona resultados utilizables en FASTA, SFF y otros formatos estándar. Las capacidades de mapeo, detección de mutaciones yensamblaje de novo están integradas en un entorno Linux, optimizado para la gestión de grandes volúmenes de datos.
La arquitectura del sistema incluye una unidad central que combina óptica y fluídica, con un cartucho de reactivos, válvulas, bombas y una placa PicoTiterPlate. Su diseño modular permite adaptarse a diferentes tipos de proyectos, ya sea la secuenciación de organismos pequeños, el análisis de la expresión génica o la identificación de variaciones genéticas raras en muestras complejas.
El sistema es especialmente eficaz en tres grandes familias de aplicaciones: secuenciación de genomas completos, estudios transcriptómicos y análisisde amplicones. Permite realizar proyectos de secuenciación de novo o resecuenciación, estudiar perfiles de expresión génica, identificar miARN o siRNA y detectar mutaciones en muestras heterogéneas con una profundidad de hasta 5000x.
El Genome Sequencer 20 también se utiliza para cartografiar sitios de unión de proteínas, estudiar la metilación del ADN y detectar con precisión SNP en el marco de investigaciones clínicas o genéticas de poblaciones. Puede procesar más de 200 000 lecturas en paralelo y su diseño permite una cobertura completa de regiones complejas sin subclonación.
Gracias a su rendimiento probado, este sistema ha sido ampliamente adoptado en proyectos que van desde el análisis del cáncer hasta la metagenómica ambiental o la secuenciación de ADN antiguo. Su robustez, precisión y compatibilidad con herramientas bioinformáticas abiertas lo convierten en una opción adecuada para los laboratorios que desean acceder a una tecnología de secuenciación fiable y reproducible.
