NextSeq 550: una plataforma integrada para secuenciación y genotipado
El sistema NextSeq 550 de Illumina está diseñado para laboratorios de investigación que desean combinar flexibilidad, rendimiento y eficiencia en sus estudios genómicos. Al reunir la secuenciación de alto rendimiento y la digitalización de chips de ADN en una sola plataforma, satisface las diversas necesidades de laboratorios pequeños y grandes. Esta doble capacidad permite pasar fácilmente de un tipo de análisis a otro, ya se trate de paneles específicos, exomas, transcriptomas o perfiles de expresión, sin necesidad de multiplicar los equipos.
La plataforma está diseñada para adaptarse a las exigencias cambiantes de los laboratorios: los usuarios pueden elegir entre dos tipos de celdas de flujo (medio y alto rendimiento), lo que permite modular con precisión la capacidad de secuenciación en función del número de muestras o del nivel de cobertura deseado. De este modo, en una sola pasada se pueden procesar hasta 40 muestras para perfiles de expresión génica o hasta 96 paneles específicos. Esta flexibilidad permite un importante ahorro de tiempo, con plazos de ejecución que pueden oscilar entre 6,5 horas y menos de 30 horas, según los ciclos seleccionados.
La interfaz de usuario es intuitiva, los reactivos están listos para su uso y la configuración del sistema se realiza en unos sencillos pasos. El NextSeq 550 integra la generación de clústeres y la secuenciación, automatizando el proceso para reducir la intervención humana. También es compatible con todas las soluciones de preparación de bibliotecas de Illumina, lo que garantiza la coherencia en los flujos de trabajo.
El análisis de los datos se puede realizar a través de la plataforma DRAGEN Bio-IT, integrada en BaseSpace Sequence Hub, que ofrece potentes pipelines y un rápido procesamiento de variantes genéticas, incluyendo mutaciones puntuales, variaciones en el número de copias e indeles. Para aquellos que prefieren el análisis local, Local Run Manager permite el procesamiento directo de las secuencias en el instrumento.
El dispositivo incorpora la química SBS de Illumina, basada en terminadores reversibles, lo que garantiza una lectura precisa de los nucleótidos y limita los errores en secuencias complejas. Las nuevas celdas de flujo v2.5 refuerzan la estabilidad de la intensidad de la fluorescencia, con una mejor tolerancia a la humedad y al calor, lo que garantiza un rendimiento constante durante toda la ejecución.
Como complemento a la secuenciación, el NextSeq 550 ofrece la lectura de chips de tipo BeadArray, compatibles con la tecnología Infinium. Esto permite, por ejemplo,identificar regiones metiladas con el BeadChip EPIC o confirmar rápidamente CNV con los chips CytoSNP. El análisis de los resultados puede realizarse a través de GenomeStudio o de herramientas de código abierto en R, adaptadas a la investigación sobre metilación.
