QuantStudio 3D: quantificação absoluta de ADN por partição digital
O QuantStudio 3D da Thermo Fisher Scientific representa uma solução de PCR digital por compartimentação que permite detectar com fiabilidade e precisão alvos genéticos numa mistura complexa. Ao contrário dos sistemas tradicionais de PCR em tempo real, este sistema baseia-se numa lógica binária de presença ou ausência de sinal em 20 000 microrreatores independentes por chip. Isso permite obter uma quantificação absoluta sem a necessidade de curvas padrão, reduzindo consideravelmente os erros associados à quantificação relativa.
O funcionamento baseia-se na partição da amostra de ADN ou ARN convertido em ADNc, seguida de uma amplificação específica em cada poço através das sondas TaqMan. Ao analisar o número de reações positivas e negativas, o sistema calcula com precisão a concentração inicial em cópias/μL. Esta abordagem é particularmente eficaz para a detecção de alvos de baixa abundância, alelos raros num fundo de sequência selvagem ou mesmo alterações no número de cópias genéticas.
A ferramenta é particularmente útil para experiências em que a precisão e a reprodutibilidade são críticas. O utilizador pode melhorar a resolução e a precisão aumentando o número de chips utilizados, criando assim um « chip virtual » através da plataforma online QuantStudio 3D AnalysisSuite Cloud. Este agrupamento permite reduzir a incerteza estatística durante a quantificação.
O sistema também permite medir variações subtis na expressão genética, muitas vezes invisíveis aos métodos convencionais, com uma resolução de até ±10%. As experiências de variação do número de cópias podem ser otimizadas fragmentando o ADN genómico através de enzimas de restrição. No que diz respeito às experiências com alelos raros, recomenda-se a otimização das condições de amplificação, nomeadamente a temperatura de hibridização.
Versátil, compacto e intuitivo, o QuantStudio 3D integra-se facilmente em laboratórios de investigação que requerem uma quantificação rigorosa em áreas como o cancro, a genética humana, o ambiente ou a microbiologia.
