Genome Sequencer 20: sequenciação em massa simplificada
O Genome Sequencer 20 é um instrumento concebido para satisfazer as necessidades crescentes da investigação genómica com um tempo de processamento reduzido e uma precisão fiável. O seu princípio baseia-se na sequenciação por síntese efectuada em paralelo em centenas de milhares de fragmentos de ADN clonados por amplificação em emulsão (emPCR). Ao eliminar as etapas de clonagem bacteriana, reduz significativamente o tempo de preparação das amostras, eliminando os vieses associados à cultura de células.
O processo começa com a fragmentação do ADN genómico ou do ADNc, seguida da adição de adaptadores A e B. Estes fragmentos são então ligados a esferas de captura de ADN e amplificados individualmente em microgotículas utilizando emPCR. Cada pérola clonada é depositada num poço de um PicoTiterPlate, onde a sequenciação é efectuada em paralelo utilizando ciclos de incorporação de nucleótidos. O sinal luminoso gerado pela incorporação é registado por umacâmara CCD e cada sequência é interpretada com base na intensidade destes sinais.
A leitura de bases, baseada na intensidade da fluorescência, é processada por software dedicado, fornecendo resultados que podem ser utilizados em FASTA, SFF e outros formatos padrão. As capacidades de mapeamento, deteção de mutações emontagem de novo estão integradas num ambiente Linux, optimizado para gerir grandes volumes de dados.
A arquitetura do sistema inclui uma unidade central que combina ótica e fluidos, com cartucho de reagentes, válvulas, bombas e PicoTiterPlate. A sua conceção modular permite a adaptação a diferentes tipos de projectos, desde a sequenciação de pequenos organismos à análise da expressão genética ou à identificação de variações genéticas raras em amostras complexas.
O sistema tem um desempenho particularmente bom em três famílias principais de aplicações: sequenciação do genoma completo, estudos transcriptómicos e análise deamplicões. Pode ser utilizado para realizar projectos de novo ou de re-sequenciação, para estudar perfis de expressão genética, para identificar miRNA ou siRNA e para detetar mutações em amostras heterogéneas a uma profundidade de até 5000x.
O Genome Sequencer 20 é também utilizado para o mapeamento de locais de ligação de proteínas, estudos de metilação do ADN e deteção fina de SNP para investigação genética clínica e populacional. Pode processar mais de 200.000 leituras em paralelo e a sua conceção permite a cobertura completa de regiões complexas sem subclonagem.
Graças ao seu desempenho comprovado, este sistema tem sido amplamente adotado em projectos que vão desde a análise do cancro à metagenómica ambiental e à sequenciação de ADN antigo. A sua robustez, precisão e compatibilidade com ferramentas abertas de bioinformática fazem dele uma escolha relevante para laboratórios que procuram acesso a tecnologia de sequenciação fiável e reprodutível.
