QuantStudio 3D : quantification absolue de l’ADN par partitionnement numérique
Le QuantStudio 3D de Thermo Fisher Scientific représente une solution de PCR digitale par compartimentation permettant de détecter avec fiabilité et précision les cibles génétiques dans un mélange complexe. À la différence des systèmes traditionnels de PCR en temps réel, ce système repose sur une logique binaire de présence ou d’absence de signal dans 20 000 micro-réacteurs indépendants par puce. Cela permet d’atteindre une quantification absolue sans nécessité de courbes standard, réduisant considérablement les biais liés à la quantification relative.
Le fonctionnement repose sur le partitionnement de l’échantillon d’ADN ou d’ARN converti en ADNc, suivi d’une amplification spécifique dans chaque puits via les sondes TaqMan. En analysant le nombre de réactions positives et négatives, le système calcule avec précision la concentration initiale en copies/μL. Cette approche est particulièrement efficace pour la détection de cibles à faible abondance, les allèles rares dans un fond de séquence sauvage, ou encore les modifications du nombre de copies géniques.
L’outil est particulièrement utile pour les expériences où la précision et la reproductibilité sont critiques. L’utilisateur peut améliorer la résolution et la précision en augmentant le nombre de puces utilisées, créant ainsi un « puce virtuelle » grâce à la plateforme en ligne QuantStudio 3D AnalysisSuite Cloud. Ce regroupement permet de réduire l’incertitude statistique lors de la quantification.
Le système permet également de mesurer de subtiles variations d’expression génique, souvent invisibles aux méthodes classiques, avec une résolution jusqu’à ±10 %. Les expériences de variation du nombre de copies peuvent être optimisées en fragmentant l’ADN génomique via des enzymes de restriction. En ce qui concerne les expériences sur les allèles rares, une optimisation des conditions d’amplification, notamment de la température d’hybridation, est recommandée.
Polyvalent, compact et intuitif, le QuantStudio 3D s’intègre facilement dans les laboratoires de recherche nécessitant une quantification rigoureuse dans des domaines tels que le cancer, la génétique humaine, l’environnement, ou la microbiologie.
